Insediamenti umani in territorio isolitano sono attestati già dal XIV secolo a.C. come testimoniano alcuni ritrovamenti archeologici nella zona. Il primo centro abitato, però, fu fondato dagli Japigi (popolazione proveniente dall'Africa del nord), sbarcati sul versante jonico calabrese nel XI secolo a.C..
Il tratto di costa sul quale approdarono (che comprendeva i tre promontori di Capo Colonna, Capo Cimiti e Capo Rizzuto) assunse poi il nome Tres Japigium Promontorium. Queste genti si stabilirono nella zona compresa tra Capo Rizzuto e Capo Piccolo, in un luogo più vicino al mare rispetto all'attuale centro abitato.
Nel VIII secolo a.C., durante il periodo della colonizzazione greca, il piccolo centro seguì le sorti della limitrofa città di Crotone divenuta in quegli anni un importante polo commerciale e culturale.
Questa vicinanza stimolò sia l'incremento dell'attività agricola isolitana che l'interscambio commerciale con le Polis greche. Durante questo florido periodo nel territorio furono costruite chiese, monasteri, nuove abitazioni e centri culturali che si svilupparono in una vasta area che dal centro abitato arrivava fino all'attuale Capo Cimino.
L'unico elemento strutturale rimasto a testimoniare questo enorme sviluppo è la colonna di Hera Lacinia che si trova sul promontorio detto diCapocolonna.
Sempre al periodo greco risale una delle numerose interpretazioni del nome "Isola". Alcuni studiosi, infatti, affermano che derivi dal greco aysulonovvero luogo sacro, asilo o rifugio.
Una seconda opinione, invece, attribuisce l'etimologia del nome al latino insulae, centri di deposito di derrate agricole fatti costruire dai Romani al loro insediamento nella zona (III secolo a.C.).
Il ritrovamento di resti di ville romane, magazzini e anfore per la conserva sembrano accreditare maggiormente quest'ultima ipotesi. Nel VI secolo d.C. un consistente numero di monaci bizantini, scampati alle persecuzioni iconoclaste, si riversarono sulle coste calabresi occupando anche il territorio isolitano.
La presenza di queste nuove genti ebbe un forte impatto a livello religioso. Furono costruiti, infatti, numerosi monasteri che in poco tempo diventarono importanti poli religiosi e culturali. Solo nella zona di Isola se ne contavano undici (San Costantino, Santa Barbara, S. Elia, San Pietro in Tripani, San Giovanni di Massanova, San Fantino, San Nicola di Salica, Salica, San Nicola di Vermica e San Giovanni di Campolongo).
Anche le principali attività economiche del paese cominciarono a svilupparsi intorno ai centri religiosi. Con l'arrivo dei Normanni nell'XI secolo il centro cambiò radicalmente fisionomia. I monasteri furono soppressi e il processo di latinizzazione impose un nuovo cerimoniale religioso. Nonostante questo radicale cambiamento Isola fu scelta come sede vescovile (fino al 1818).
Da questo momento, inoltre, cominciarono i passaggi di proprietà del territorio. Durante il periodo angioino, infatti, fu feudo della famiglia Ruffo per poi essere assegnato al marchesato di Crotone sotto Antonio Centelles. Con gli Aragonesi, poi, Isola passò alle famiglie Pou e Ricca.
In questi anni il centro fu dotato di un poderoso sistema difensivo costituito dall'imponente castello aragonese di Le Castella, da un maniero più piccolo e da forti mura di cinta che circondavano il borgo. Sorsero anche numerose torri costiere di avvistamento e di difesa. Il feudo fu poi proprietà dellefamiglie Catalano, Caracciolo e Baracco. Il nuovo ordinamento amministrativo imposto dai Francesi, inoltre, dispose che nel 1808 Isola fosse elevata a Comune. Dopo l'Unità d'Italia, con decreto del 22 gennaio 1863, il paese assunse l'attuale denominazione di "Isola di Capo Rizzuto".
